Nel 1631 anche sull'Altopiano arrivò la peste, raccontata dal Manzoni nei Promessi Sposi. Il comune di Roana perdette più di metà degli abitanti, come pure Asiago, dove furono esemplari il coraggio e la generosità del medico Martino Bonomo e del sacerdote Don Giuseppe Viero nel curare i malati. Anche Gallio fu duramente colpito e come ringraziamento i superstiti iniziarono le sacre rappresentazioni della Settimana Santa che sono rinnovate anche ai nostri giorni. Come ringraziamento per la peste superata, Asiago costruì un oratorio in onore di San Sisto nella località del Lazzaretto, dove sono stati sepolti gli appestati, e ancor oggi la vigilia dell'Ascensione vede la Grande Rogazione fermarsi in quella località per la Santa Messa.

Nel 1602 il Vescovo di Padova Marco Cornaro stampò il catechismo in lingua cimbra per gli abitanti dei Sette Comuni che 'parlano in lingua tedesca, sì che le donne, i fanciulli e molti uomini ancora non hanno punto cognizione del parlare italiano'. Con la dottrina cristiana il Catechismo conteneva anche molti canti e preghiere nell'antica lingua dei Sette Comuni, in gran parte provenienti dalla Germania, come il canto del grèssle, il canto di Pasqua, canti e preghiere già documentati negli atti della visita pastorale del Vescovo di Padova ad Asiago nel 1500. Nel catechismo non mancano riferimenti a situazioni storiche concrete, come quando vengono condannati coloro che adorano 'stregoni e fattucchiere e tengono il Demonio per il loro Dio'.
Nel 1605 un accordo (la Sentenza Roveretana) tra il Vescovo di Trento e la Repubblica di Venezia pose fine alle secolari liti per i confini settentrionali dell'Altopiano: il territorio di Vezzena fu sottratto al comune di Rotzo e assegnato a Levico e una parte della piana di Marcesina fu tolta ad Enego e unita al Comune di Grigno nella Valsugana.
Nel 1642 il Capitano di Vicenza, su incarico della Repubblica di Venezia, raccolse i documenti e le tradizioni in uso per definire lo statuto della Federazione dei Sette Comuni, al fine di continuare a risolvere le continue contese che dividevano i Sette Comuni tra loro e al loro interno. La legge Bragadina con i suoi 25 articoli ricordava e precisava le norme e le regole per la convocazione delle vicinie, per la elezione delle cariche pubbliche, per la composizione del Governo della Reggenza, per la soluzione dei conflitti, per la difesa delle esenzioni e dei privilegi.

Al fine di sentirsi protette da queste esenzioni e privilegi, i Sette Comuni più volte rivolsero al Doge veneziano domande e suppliche, dalle quali si possono comprendere le condizioni economiche dei Sette Comuni, con il duro lavoro dell'allevamento ovino e delle lunghe e tormentate transumanze in pianura, con le fatiche dei lavori nei boschi e dei commerci lungo strade disagiate, con l'aumento demografico che ha portato gli abitanti nel 1600 a 24.000.
Nel 1709 il re di Danimarca Federico IV era in visita in Italia e trovandosi a Vicenza seppe che nei Sette Comuni si parlava in lingua nordica. Portatosi ad Asiago egli fu salutato festosamente in lingua cimbra 'Es leben unser könig!', 'Viva il nostro re!'.
Durante il 1700 le condizioni economiche diventavano sempre più difficili sull'Altopiano, per l'aumento della popolazione, per il limite delle risorse tradizionali, per i cambiamenti legati all'inizio dell'economia moderna e per il venir meno degli antichi privilegi ed esenzioni.
Nel 1765 fu abolito per la prima volta il diritto di Pensionatico, anche se la transumanza delle pecore continuò nei secoli seguenti, pur tra conflitti anche feroci e con un calo continuo del numero di pecore.

Aumentò sempre più anche l'emigrazione dai paesi dell'Altopiano alle regioni della pianura e verso la città, in qualche caso anche verso zone di montagna come nel Cansiglio, l'altopiano tra Treviso e Belluno dove hanno trovato il bosco da lavorare e possibilità di vita alcune famiglia di Roana.
Nel 1781 lo storico dei Sette Comuni, Agostino Dal Pozzo scoprì vicino a Castelletto di Rotzo i resti di un antico villaggio preistorico (il Bostel). Egli studiò diversi aspetti della storia e della cultura dei Sette Comuni, come il problema della lingua cimbra, che egli documentò con diversi scritti, e il problema dell'economia, che egli approfondì con diverse proposte, come quella di introdurre e di incrementare la coltivazione della patata. Nel 1783 fu beatificata una suora benedettina nata ad Asiago, Giovanna Maria Bonomo , vissuta a Bassano nel 1600.